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倒置顯微鏡是物鏡和照明系統(tǒng)位置顛倒的顯微鏡，主要是為了適應(yīng)生物學(xué)等領(lǐng)域中液基顯微觀察需要而設(shè)計。
在細(xì)胞培養(yǎng)、組織培養(yǎng)、浮游生物、環(huán)境保護(hù)、食品檢驗(yàn)等應(yīng)用中，被檢物通常在培養(yǎng)皿或培養(yǎng)瓶等容器的溶液中，這就要求倒置顯微鏡的物鏡和聚光鏡要采用長工作距離設(shè)計，以便不接觸容器就能觀察和研究貼著容器內(nèi)壁或者懸浮在溶液中的被檢物。
區(qū)別1：外觀區(qū)別
正置顯微鏡的物鏡在載物臺上方，透射光源在下方；而倒置顯微鏡物鏡在載物臺下方，透射光源在上方，從外觀上可以很容易區(qū)分兩者。
區(qū)別2：物鏡光學(xué)校正不同
正置顯微鏡的物鏡是為很薄的蓋玻片校準(zhǔn)的，鏡身相關(guān)標(biāo)記是0.17之類很低的數(shù)值；倒置顯微鏡是為較厚的載玻片、培養(yǎng)皿底部校正的，鏡身相關(guān)標(biāo)記會是1以上的數(shù)值。兩者物鏡因此無法通用，可以據(jù)此區(qū)分正置顯微鏡和倒置顯微鏡。
區(qū)別3：物鏡工作距離不同
倒置顯微鏡通常用于觀察溶液中的被檢物，如培養(yǎng)液中的細(xì)胞，為了對焦溶液中的懸浮物，倒置顯微鏡的物鏡工作距離會比正置的大。
區(qū)別4：放大倍率差異
正置顯微鏡可以選擇100X物鏡，搭配10X目鏡實(shí)現(xiàn)1000X高放大倍率；倒置顯微鏡的常見物鏡最大放大倍率只有60X，這是因?yàn)樵?00X時物鏡幾乎是貼著樣品的，這個工作距離已經(jīng)小于容器底部厚度，也就是說在對焦成功前物鏡就已經(jīng)撞上容器底部了，根本不可能對焦。
例外的是倒置金相顯微鏡，可能會有長工作距離的100X物鏡，工作距離可以到3mm左右，但并不常用，因?yàn)檫@種100X物鏡數(shù)值孔徑只有0.8左右，比正置100X物鏡約1.3的數(shù)值孔徑顯著低，因此分辨率其實(shí)并不理想。
區(qū)別5：倒置標(biāo)配相襯觀察
倒置顯微鏡常用于無色透明的活細(xì)胞觀察，因此標(biāo)配相襯環(huán)和相襯物鏡以實(shí)現(xiàn)相襯觀察，通常會有4X、10X、20X和40X四種放大倍率，還會有相襯物鏡。正置顯微鏡要做相襯觀察的話需要特殊的聚光鏡配件，因此相襯的正置顯微鏡并不常見，而且標(biāo)配物鏡不包含相襯物鏡。
區(qū)別6：樣品高度限制小
倒置顯微鏡的聚光鏡采用長工作距離設(shè)計，部分還可以額外加高，以適應(yīng)更高的樣品，比如MI52-CF加高了聚光燈，可放下10層細(xì)胞工廠。
另外部分倒置顯微鏡還可能取消上光源，以解除樣品高度限制，比如KMM-300金相顯微鏡，采用倒置的反射照明，沒有上光源，可以很方便地直接放置觀察大尺寸的金屬材料樣品，減少制樣的麻煩。
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